امروزه ماهیت مؤسسات غیرتجاری بسیار پیچیده شده و برخی از مؤسسات مذکور در عمل از لحاظ سود آوری و اقدامات صورت گرفته از شرکت های تجارتی فعال تر می باشند که می توان به مؤسسات خیریه و یا مؤسسات مالی و اعتباری اشاره نمود که هر چند ماهیت غیرتجاری داشته ولی در عمل به نوعی، به فعالیت تجاری می پردازند و ازاین طریق منتفع می گردند.

از آنجا که در قانون تجارت و لایحه اصلاحی آن و قانون ثبت شرکت ها و نظام نامه ها و آیین نامه های مربوطه تعریفی از فعالیت غیرتجاری نگردیده است وصرفاً در ماده ۵۸۴ قانون تجارت، به تشکیل مؤسسات جهت مقاصد غیرتجاری اشاره شده. لذا ممکن است برخی از شخصیت های حقوقی به صورت غیر تجارتی ایجاد، که درعمل به موضوعات تجارتی می پردازند. بررسی همه جانبه موضوعات تجاری، غیرتجاری، انتفاعی و غیرانتفاعی نیازمند تصریح قانون گذار می باشد و صرفاً نظرات دستگاه در خصوص تولیت و مباحث حقوقی آن نمی تواند در ماهیت شخصیت حقوقی دخیل باشد‌.
از طرفی گاهاً موضوع فعالیت شرکت های تجارتی، بدون در نظر گرفتن الزامات ناظر بر شرکت های سهامی خاص، با مسئولیت محدود و مؤسسات غیرتجاری و دیگر انواع شرکت ها با ایراداتی مواجه می گردد که با عنایت به مرجع اعلامی بودن مراجع ثبتی، ورود ماهیتی به مقاصد و اهداف تجاری و غیرتجاری در زمان ثبت انواع شرکت ها و مؤسسات غیرتجاری از سوی مراجع ثبتی با ابهام مواجه می باشد.
لذا به نظر، ملاک تشخیص تمییز شرکت های تجاری از مؤسسات غیرتجاری صرفاٌ سودآوری و نفع (انتفاع) نیست چرا که تشکیلات غیرتجاری ممکن است، جنبه سود آوری داشته باشد، بلکه مهم ترین وجه ممیزه و ملاک تمییز این است که تشکیلات غیرتجاری دارای جنبه غالب معنوی هستند.( موضوعاتی چون جنبه های علمی، ادبی،ورزشی، خیریه و امثال آن با جنبه معنوی غالب هستند) این در حالی است که جنبه غالب شرکت های تجارتی، معنوی نیست، بلکه سود آوری و مادی است. به عبارت دیگر قصد بردن سود و تقسیم آن میان شرکاء ازخصایص شرکت های تجارتی، معنوی محسوب نمی شود بلکه سود آوری و مادی می باشد لذا قصد بردن سود و تقسیم آن میان شرکاء از خصایص شرکت تجاری است بدون آنکه در انحصار آن باشد.
مؤسسات غیرتجاری، می تواند فعالیت انتفاعی و یا غیرانتفاعی داشته باشند.
هم چنین برای برخی از فعالیت های مذکور می بایستی قبل از ثبت مجوز فعالیت اخذ گردد و برخی دیگر از موضوعات فعالیت در زمان ثبت نیاز به اخذ مجوز نداشته و در ابتدا می بایستی شخصیت حقوقی ایجاد گردد و سپس نسبت به ثبت آن اقدامات لازم صورت پذیرد.
یکی از مباحث جدید و مهم درخصوص تقسیم بندی شرکت ها از مؤسسات، عدم پیش بینی صحیح جایگاه حقوقی شخصیت های حوزه نظام پولی و بانکی خصوصاً در قانون اجرای اصل ۴۴ قانون اساسی می باشد. در قانون مذکور ایجاد و تأسیس بانک ها و مؤسسات مالی و اعتباری را فقط درقالب شرکت سهامی عام جایز دانسته است، در حالی که ماهیت مؤسسه و شرکت سهامی عام متفاوت می باشد، پس چگونه می توان مؤسسه مالی و اعتباری را در قالب شرکت سهامی عام ایجاد نمود. این موضوع زمانی اهمیت بیشتری دارد که تعدادی از مؤسسات مالی و اعتباری دردفتر ثبت شرکت ها به عنوان شرکت سهامی عام به ثبت رسیده اند و برخی دیگر در دفتر مؤسسات غیرتجاری با ماهیت مؤسسات، به ثبت رسیده اند.
اگر مؤسسات مالی و اعتباری که در گذشته با ماهیت مؤسسات غیرتجاری به ثبت رسیده باشند و بر طبق این قانون بخواهند به شرکت سهامی عام تبدیل شوند می بایستی شرایط و الزامات اختصاصی مربوط به شرکت های سهامی عام را رعایت و پس از ثبت به عنوان شرکت در دفتر ثبت شرکت ها، شماره ثبت جدید اخذ نموده و شماره ثبت مربوط به مؤسسات آن نامعتبر شود.علیهذا در جهت شناسایی و ادبیات مشترک بین دستگاهی می بایستی ساز و کارهای مناسبی در این خصوص در نظر گرفته شود‌.
در پایان این نکته حائز اهمیت است، که قلمرو ماهیتی و شکلی مربوط به مؤسسات غیرتجاری در یک دسته بندی کلی از قلمرو تشکیلات غیر دولتی ، مجزا می شود. بسیاری از عناوین از جمله انجمن های صنفی کارگری و کارفرمایی، احزاب و گروه های سیاسی، دارای ماهیت مشابه تشکیلات مستقل می باشند، نه مؤسسات غیرتجاری، لکن در ادارات ثبت، تمامی این دسته از اشخاص حقوقی، تحت یک عنوان (مؤسسات غیر تجاری) به ثبت می رسند.