سازمان مرکزی تعاونی روستایی به صورت شرکت سهامی و برای مدت نامحدود تشکیل شده است و مرکز اصلی آن در تهران است. این سازمان می تواند در هر یک از نقاط کشور که لازم بداند، شعبه یا نمایندگی تاسیس کند. علاوه بر وزارت جهاد و کشاورزی، اتحادیه های تعاونی روستایی و کشاورزی نیز می توانند صاحبان سهام سازمان مرکزی تعاون روستایی ایران باشند. این سازمان دارای شخصیت حقوقی است و چون به موجب قانون خاص ایجاد شده است، شخص حقوقی دولتی محسوب می شود و احتیاج به ثبت نداشته است.
ارکان سازمان مرکزی تعاون روستایی ایران عبارت اند از : مجمع عمومی، شورا ، هیئت مدیره و بازرسان .

• مجمع عمومی

مجمع عمومی سازمان با حضور صاحبان سهام سازمان، حداقل یکبار در سال تشکیل می شود. نمایندگی سهام وزارت کشاورزی و ریاست جلسات مجمع عمومی بر عهده وزیر کشاورزی است. هیئت مدیره باید مجمع عمومی را حداکثر تا پایان تیرماه هر سال تشکیل دهد؛ علاوه بر این در هر موقع که لازم باشد، با تقاضای وزیر کشاورزی یا صاحبان حداقل یک پنجم سهام یا مدیرعامل سازمان و به دعوت هیئت مدیره، مجمع عمومی تشکیل می شود. هیئت مدیره موظف است ظرف یک ماه از تاریخ وصول تقاضا، برای تشکیل مجمع عمومی اقدام کند.

• شورا

شورای سازمان متشکل از پنج نفر، شامل یک نفر از کارمندان عالی رتبه وزارت جهاد کشاورزی، یک نفر از وزارت بازرگانی، یک نفر از وزارت امور اقتصادی و دارایی، یک نفر از سازمان مدیریت و برنامه ریزی و یک نفر از افراد بصیر در تعاون روستایی و کشاورزی است. مجمع عمومی این اشخاص را با جلب موافقت سازمان های مربوط برای مدت سه سال تعیین و انتخاب می کند. اعضای شورا را می توان عزل کرد و انتخاب مجدد آن ها نیز بلامانع است. اعضای شورا پس از خاتمه مدت ماموریت، مادام که مجمع عمومی جانشینی برای آن ها تعیین نکرده باشد، نکلف اند همچنان به وظایف خود عمل کنند. جلسات شورا وقتی رسمیت پیدا می کند که دو نفر از اعضای شورا در آن حضور داشته باشند و تصمیمات شورا وقتی معتبر است که حداقل سه نفر از اعضای حاضر به آن رای موافق داده باشند.

• هیئت مدیره

هیئت مدیره سازمان مرکزی تعاون روستایی ایران، مرکب از سه نفر عضو اصلی و یک نفر عضو علی البدل است که با پیشنهاد وزیر کشاورزی و تصویب مجمع عمومی برای مدت سه سال تعیین می شوند. اعضای هیئت مدیره به همین ترتیب قابل عزل اند و انتخاب مجدد آنان نیز بلامانع است. در خاتمه ماموریت تا تعیین جانشین، مسئولیت عمل به وظایف را همچنان بر عهده دارند.
رئبی هیئت مدیره که از بین اعضای اصلی و وبه پیشنهاد وزیر کشاورزی و تصویب مجمع عمومی انتخاب می شود، عهده دار سمت مدیر عامل سازمان نیز هست. جاسه هیئت مدیره با حضور سه نفر، یعنی تمام اعضای اصلی رسمیت می یابد و تصمیمات آن هنگامی معتبر است که حداقل رئیس هیئت مدیره ( مدیر عامل ) و یکی از اعضای هیئت مدیره با آن موافق باشند. مصوبات هیئت مدیره باید در دفتر مخصوص عیناَ ثبت شود و حاضران در جلسه آن را امضا کنند. هر یک از حاضران که نظر مخالف داشته باشد، نظر وی باید صریحاَ در این دفتر قید شود.

• بازرسان

بازرسان، برای هر سال مالی به پیشنهاد وزیر کشاورزی و تصویب مجمع عمومی، دو نفر بازرس انتخاب می شوند، مسئولیت و وظایف بازرسان تا انتخاب بارسان جدید ادامه دارد. رسیدگی به حساب های سازمان ، اعم از حساب های ماهانه و ترازنامه سالانه، تنظیم گزارش سالانه حساب های سازمان و ارسال یک نسخه از آن برای صاحبان سهام حداقل ده روز قبل از تاریخ برگزاری مجمع عمومی عادی سالانه از وظایف بازرسان است. بازرسان می توانند اطلاعات لازم برای انجام وظایف خود را از مدیرعامل سازمان بخواهند و مدیرعامل مکلف است اطلاعات خواسته شده را همراه نظر خود و اسناد و مدارک مربوط در اختیار آنان قرار دهد. بازرسان حق دخالت در امور جاری سازمان را ندارند.
سازمان باید هر ماه یک نسخه از خلاصه حساب های دفتر کل و 20 روز قبل از انعقاد مجمع عمومی عادی سالانه، یک نسخه از ترازنامه سالانه با کلیه ضمائم مربوط جهت حسابرسی، به بازرسان تسلیم نماید.
نکته : هیچ یک از اعضای شورا، هیئت مدیره و بازرسان نمی توانند در معاملاتی که با سازمان یا به حساب سازمان می شود، به طور مستقیم یا غیرمستقیم سهیم شوند.