اداره ی شرکت تعاونی با هیات مدیره ای است که حداقل 3 عضو اصلی و یک عضو علی البدل دارد. حداکثر اعضای هیات مدیره 7 نفر اصلی و 2 نفر علی البدل می باشد. در تعاونی های بزرگ به ازای هر 400 نفر یک نفر به اعضای اصلی و یک نفر به اعضای علی البدل هیات مدیره اضافه می شود اما در هر صورت تعداد اعضای اصلی بیش از 15 نفر نخواهد بود. تعداد اعضای علی البدل حداکثر یک سوم اعضای اصلی است.

اعضای هیات مدیره به مدت 3 سال و با رای مخفی و با اکثریت نسبی انتخاب می شوند.
هیچ کس نمی تواند بیش از دو نوبت متوالی عضو هیات مدیره تعاونی شود مگر آن که دست کم دو سوم آرای کب اعضا را کسب نماید.
شرایط اعضاء هیات مدیره به قرار ذیل است :
1- تابعیت جمهوری اسلامی ایران
2- ایمان و تعهد عملی به اسلام ( در تعاونی های متشکل از اقلیت دینی شناخته شده در قانون اساسی تعهد عملی به دین خودشان )
3- دارا بودن اطلاعات یا تجربه لازم برای انجام وظایف متناسب با آن تعاونی.
4- عدم ممنوعیت قانونی و حجر
5- عدم عضویت در گروه های محارب و عدم ارتکاب جرایم بر ضد امنیت و جعل اسناد
6- عدم سابقه محکومیت ارتشاء ، اختلاس ، کلاهبرداری ، خیانت در امانت ، تدلیس ، تصرف غیر قانونی در اموال دولتی و ورشکستگی به تقصیر .
7- سایر شرایط عضویت در شرکت تعاونی که در ماده 9 ق. ب. ت مذکور است.
هیات مدیره در اولین جلسه یک رئیس و یک یا دو منشی انتخاب می کند. اگر هر یک از اعضای هیات مدیره استعفا دهد، فوت کند و یا قانوناَ ممنوع از عضویت در هیات مدیره گردد اعضای علی البدل به ترتیب آرای بیشتر جای اعضای اصلی را می گیرند.
وظایف هیات مدیره در شرکت های تعاونی با شرکت های سهامی مشابهت های زیادی دارد. شرکت های تعاونی اساسنامه ای دارند که اجرای آن با هیات مدیره است. مدیر عامل شرکت را هیات مدیره برمی گزیند و عنداللزوم او را عزل و یا استعفایش را قبول می کنند.
صلاحیت هیات مدیره عبارتند از :
1. دعوت مجمع عمومی ( عادی – فوق العاده ) .
2. اجرای اساسنامه و تصمیمات مجمع عمومی و سایر مقررات مربوط .
3. نصب و عزل و قبول استعفای مدیر عامل و نظارت بر عملیات وی و پیشنهاد میزان حقوق مدیر عامل به مجمع عمومی .
4. قبول درخواست عضویت و اخذ تصمیم نسبت به انتقال سهم اعضا به یکدیگر و دریافت استعفای هر یک از اعضای هیئت مدیره .
5. نظارت بر مخارج جاری تعاونی و رسیدگی به حساب ها و ارائه به بازرس یا بازرسان و تسلیم به موقع گزارش مالی و ترازنامه تعاونی به مجمع عمومی .
6. تهیه و تنظیم طرح ها و برنامه ها و بودجه و سایر پیشنهادات و ارائه آن به مجمع عمومی جهت اتخاذ تصمیم.
7. تعیین نماینده از بین اعضای تعاونی برای حضور در جلسات مجامع عمومی شرکت ها و اتحادیه هایی که تعاونی در آن ها مشارکت دارد.
8. تهیه و تنظیم دستورالعمل های داخلی تعاونی و تقدیم آن به مجمع عمومی برای تصویب .
9. تعیین نماینده یا وکیل در دادگاه ها و مراجع قانونی و سایر سازمان ها با حق توکیل غیر.
10. تعیین و معرفی صاحبان امضای مجاز ( یک یا دو نفر از اعضای هیئت مدیره به اتفاق مدیر عامل ) برای قراردادها و اسناد تعهد آور تعاونی .
انجام وظیفه اعضای هیات مدیره تنها به صورت دسته جمعی ممکن است و هیچ یک از اعضا نمی تواند منفرداَ اعمال مدیریت کند مگر در موارد خاص که باید از سایرین وکالت داشته باشد.
هیات مدیره می تواند با رای سه چهارم اعضا ، قسمتی از اختیارات خود را به مدیر عامل تفویض کند.
حقوق هیات مدیره : ( ماده 36 ق. ب. ت )
1- اعضاء هیات مدیره می توانند با تصویب مجمع عمومی حقوق و مزایا دریافت نمایند.
2- اگر عضو هیات مدیره از محل دیگری حقوق می گیرد در تعاونی مربوطه صرفاَ پاداش دریافت خواهد کرد.
3- حداقل و حداکثر حقوق و مزایای هیات مدیره و پاداش آنان  و موارد استثناء به موجب آیین نامه ای است که به تایید وزارت تعاون خواهد رسید.