شرکت تعاونی برای اداره امور خود دارای ارکان ذیل است :
مجامع عمومی ؛ هیئت مدیره ؛  بازرسی .
اداره امور شرکت تعاونی بر عهده هیئت مدیره است. اعضای هیئت مدیره دو دسته اند : اعضای اصلی و اعضای علی البدل که تعداد آن ها در اساسنامه تعیین می شود. به موجب قانون ، هیئت مدیره مرکب از حداقل 3 نفر و حداکثر 7 نفر عضو اصلی و تا یک سوم اعضای اصلی، عضو علی البدل خواهد بود. در صورت فوت ، اسعفا ، ممنوعیت قانونی یا غیبت غیرموجه مکرر ( به نحوی که در اساسنامه تعیین می شود ) هر یک از اعضای اصلی، یکی از اعضای علی البدل ( به ترتیب آرای بیشتر ) برای بقیه مدت مقرر به جانشینی وی اجرای وظیفه می کند.
به موجب عبارت اخیر ماده 36 قانون بخش تعاونی، " انتخاب مجدد هر یک از اعضای اصلی و علی البدل هیئت مدیره، حداکثر برای دو نوبت متوالی بلامانع است " ، بنابراین بعد از دو نوبت متوالی عضویت در هیئت مدیره به شکل اصلی یا علی البدل، نمی تواند بلافاصله در نوبت بعدی به عنوان عضو هیئت مدیره، اعم از اصلی یا علی البدل، انتخاب شود؛ ولی بعداَ برای دو نوبت متوالی دیگر منعی برای انتخاب وی نیست.

• انتقال مسئولیت به هیئت مدیره جدید

انتقال مسئولیت از هیئت مدیره سابق به هیئت مدیره جدید، باید بلافاصله بعد از آنکه اعضای هیئت مدیره این سمت را پذیرفتند و وزارت تعاون صحت انتخابات را تایید کرد، صورت گیرد؛ کلیه اوراق و اسناد، دفاتر و حساب ها و موجودی های تعاونی به هیئت مدیره جدید تحویل داده شود و پس از ثبت تغییرات در اداره ثبت مربوط، صاحبان امضاهای مجاز معرفی شوند. مراتب نقل و انتقال باید در صورت مجلسی قید شود و اکثریت اعضای هیئت مدیره سابق و اعضای هیئت مدیره جدید و بازرس یا بازرسان شرکت آن را امضا کنند. این صورت مجلس باید جزو اسناد شرکت نگهداری و حفظ شود. در صورتی که اعضای هیئت مدیره قبلی اسناد و مدارک و اموال شرکت را تحویل ندهند، متصرف غیرمجاز در اموال غیر و خائن در امانت شناخته می شوند و تحت تعقیب قرار می گیرند.
شروع خدمت هیئت مدیره جدید مشروط به این است که مدت ماموریت هیئت مدیره قبلی منقضی شده باشد، به عبارت دیگر شروع خدمت آن ها از زمان انقضای مدت ماموریت هیئت مدیره قبلی خواهد بود.

• وظایف و اختیارات هیئت مدیره

- دعوت از مجمع عمومی عادی و فوق العاده
- اجرای اساسنامه و تصمیمات مجامع عمومی و سایر مقررات مربوطه
- تعیین و نصب، عزل و قبول استعفای مدیر عامل و نظارت بر کارهای وی و پیشنهاد میزان حقوق و مزایای مدیر عامل و آیین نامه مربوط به وظایف و اختیارات وی به مجمع عمومی عادی برای تصویب
- نظارت بر هزینه های جاری شرکت تعاونی و رسیدگی به حساب ها و ارائه نتایج آن به بازرس یا بازرسان و تسلیم به موقع گزارش های مالی و ترازنامه و حساب سود و زیان به مجمع عمومی عادی
- توضیح در خصوص ترازنامه
- تهیه و تنظیم طرح ها، برنامه و بودجه و سایر پیشنهادها و تسلیم آن ها به مجمع عمومی عادی برای اخذ تصمیم
- تعیین نماینده از بین اعضاء شرکت تعاونی برای حضور در جلسات مجامع عمومی اتحادیه های تعاونی و شرکت هایی که شرکت تعاونی در آن عضویت و مشارکت دارد.
- تهیه دستورالعمل های داخلی شرکت تعاونی و تقدیم آن به مجمع عمومی عادی برای تصویب
- قبول درخواست عضویت داوطلبان
- اخذ تصمیم درباره انتقال سهام به اعضاء به یکدیگر
- هیات مدیره باید از بین اعضای شرکت تعاونی، نماینده ای برای حضور در جلسات مجامع عمومی شرکت های تجارتی و اتحادیه های تعاونی که شرکت تعاونی در آن ها مشارکت یا عضویت دارد تعیین و معرفی کند. هیات مدیره، عندالاقتضاء باید گزارشی درباره تغییرات حاصل در سرمایه در دوره مالی قبل و گزارشی در خصوص میزان مبلغ مربوط به بازپرداخت قیمت سهام اعضایی که از شرکت تعاونی خارج شده اند به مجمع عمومی عادی ارائه دهند.
- تعیین و معرفی صاحبان امضای مجاز (یک یا دو نفر از اعضاء هیات مدیره به همراه مدیر عامل) برای امضاء قراردادها و اسناد تعهدآور
- هیات مدیره می تواند برای سرمایه گذاری یا به کار انداختن وجوه مازاد بر نیاز شرکت به طریقی که مجمع عمومی عادی تصویب می کند اقدام کند، و نیز می تواند با تصویب این مجمع، برای اجرای برنامه های مصوب و توسعه عملیات و رفع تنگناهای مالی به استقراض و تحصیل اعتبار و دریافت قرض الحسنه و غیره روی آورد. پس از تصویب مجمع عمومی سالانه، مراقبت در کسر مبالغ مربوط به ذخیره قانونی و اندوخته احتیاطی و منظور کردن آن در حساب های مربوط و کسر مبلغ راجع به حق تعاون و آموزش و واریز آن به صندوق تعاون از وظایف هیات مدیره است. هیات مدیره می تواند عندالاقتضاء طرح ادغام شرکت را برای تصمیم گیری به مجمع عمومی فوق العاده پیشنهاد کند. (علاوه بر هیات مدیره بازرس یا بازرسان و حداقل یک سوم اعضای شرکت تعاونی می توانند ادغام آن را به مجمع عمومی فوق العاده پیشنهاد کنند).
- ارسال اظهارنامه مالیاتی و ترازنامه و حساب سود و زیان سال متکی به دفاتر قانونی شرکت تعاونی، حداکثر تا آخر تیرماه هر سال به حوزه مالیاتی مربوط و پرداخت مالیات متعلقه از وظایف هیات مدیره است.
- اولین هیات مدیره مکلف است ظرف مدت یکماه از تاریخ برگزاری اولین مجمع عمومی عادی برای ثبت شرکت در مراجع ذی صلاح اقدام نماید.
- هیات مدیره با تصمیم اکثریت اعضاء برای تشکیل مجامع عمومی دعوت به عمل می آورد، ولی لازم به ذکر است که دعوت مجامع عمومی از اختیارات مطلقه هیات مدیره نیست و وزارت تعاون و بازرسان نیز در مواردی می توانند از اعضاء برای تشکیل مجامع عمومی دعوت کنند.
- اجرای تصمیمات مجامع عمومی بر عهده هیات مدیره است؛ زیرا مجمع عمومی، رکن «تصمیم گیرنده» و هیات مدیره رکن «اداره کننده» است. هیات مدیره مکلف است مقررات قانونی و اساسنامه شرکت و مصوبات مجامع عمومی را در اداره امور شرکت رعایت نمایند و در این چهارچوب مدیریت کند.
- هیات مدیره می تواند قسمتی از اختیارات خود را با اکثریت سه چهارم آراء به مدیر عامل تفویض کند، توضیح اینکه هیات مدیره می تواند قسمتی از اختیارات خود را به مدیر عامل واگذار کند نه همه آن ها را. اکثریت «سه چهارم» نسبت به همه اعضای هیات مدیره است، نه اعضای حاضر در جلسه رسمی. معاملات هر یک از اعضای هیات مدیره با شرکت تعاونی مربوط، تابع مقررات وضوابطی است که در چهارچوب دستورالعمل وزارت تعاون به تصویب مجمع عمومی عادی می رسد. هیچ یک از اعضای هیات مدیره نمی تواند سمت بازرسی یا مدیریت عامل و یا عضویت هیات مدیره شرکت تعاونی دیگری با موضوع و فعالیت مشابه را بپذیرد. رسیدگی و تصمیم گیری درباره گزارش بازرس یا هر یک از بازرسان در مورد تخلفات هیات مدیره، بر عهده مجمع عمومی فوق العاده است.
وزارت تعاون در صورت احراز تخلف در اداره امور شرکت تعاونی می تواند مراتب را به دادگاه اعلام کند. دادگاه موظف است خارج از نوبت به موضوع رسیدگی کند و در صورتی که در رسیدگی مقدماتی، تخلف هیات مدیره احراز شود، حکم تعلیق مدیران شرکت تعاونی را صادر کند، در این صورت وزارت تعاون موظف است به طور موقت افرادی را برای تشکیل مجمع عمومی عادی و انتخاب هیات مدیره جدید منصوب کند.
- اعضای هیات مدیره، مدیر عامل و بازرسان نسبت به تخلفاتی که در انجام وظایف خود مرتکب می شوند از قبیل ارتشاء اختلاس، کلاهبرداری، خیانت در امانت، تدلیس، تصرف غیر قانونی در اموال دولتی و ورشکستگی به تقصیر و تقلب، طبق قواعد عمومی مربوط به مسئولیت مدنی و کیفری، مسئول هستند.
- دریافت استعفای هر یک از اعضای هیات مدیره (قبول استعفای جمعی اعضاء هیات مدیره در صلاحیت مجمع عمومی فوق العاده است).
- تعیین نماینده یا وکیل با حق توکیل به غیر در دادگاه ها، مراجع قانونی و سایر سازمان ها
- انتخاب مدیرعامل بر عهده هیات مدیره است، در واقع هیات مدیره مکلف به انجام این امر است، هیات مدیره می تواند مدیر عامل را عزل کند. در این صورت چون شرکت تعاونی باید مدیر عامل داشته باشد، هیات مدیره مکلف است مدیر عامل را برای شرکت تعیین کند. هر گاه مدیر عامل استعفاء دهد، قبول آن با هیات مدیره است، به طور کلی اخذ تضمین از مدیر عامل و ابواب جمعی وی و کارکنان، از وظایف هیات مدیره است. ضوابط و معیارهای لازم برای میزان این تضمین و میزان حقوق و مزایای مدیرعامل و کارکنان و نیز آیین نامه مربوط به وظایف و اختیارات مدیرعامل را هیات مدیره برای تصویب به مجمع عمومی عادی پیشنهاد می کند.
- هیات مدیره باید بر هزینه های جاری تعاونی نظارت تامه داشته باشد و این نظارت غالبا استصوابی است. توضیح اینکه، نظارت عبارت است از مراقبتی که ناظر بر اقدام به عملی می کند و به دو صورت است: «استصوابی و اطلاعی»
نظارت استصوابی؛ ناظر بر اقدام به عملی و تصویب آن قبل از اقدام است. در نظارت استصوابی، اقدام به عمل موکول است به موافقت ناظر به نحوی که بدون کسب این موافقت، نباید هیچ گونه اقدامی صورت بگیرد. در نظارت اطلاعی، ناظر بر اقدام به عملی اطلاع دارد ولی موافقت وی لازمه آن عمل نیست.
- رسیدگی به حساب ها و تهیه گزارش های مالی و نیز ارائه گزارش مربوط به هزینه های جاری و نتایج حاصل از رسیدگی به حساب ها به بازرس یا بازرسان و ارائه گزارشات لازم به مجمع عمومی، از وظایف هیات مدیره است.
- تهیه و تنظیم بودجه، طرح ها و برنامه ها و هزینه عملیات در سال بعد و ارائه آن ها به بازرس یا بازرسان نیز از وظایف هیات مدیره است، علاوه بر آن هیات مدیره، بودجه تنظیمی و هزینه های پیش بینی شده و طرح ها و برنامه های مذکور را باید برای تصویب به مجمع عمومی عادی تسلیم نماید.
- قبول درخواست عضویت از داوطلبان جدید و تصمیم گیری درباره آن ها با ملحوظ داشتن شرایطی که برای عضویت شرکت تعاونی در قانون و اساسنامه شرکت مقرر است در صلاحیت هیات مدیره است، علاوه بر آن، هیات مدیره برای قبول عضو جدید باید مقدورات و ظرفیت شرکت را مراعات کند. بررسی وجود شرایط عضویت در بدو تاسیس شرکت تعاونی بر عهده هیات موسس است.
- اخراج عضو، جزو اختیارات هیات مدیره نیست و این امر در صلاحیت مجمع عمومی عادی است. اخراج عضو موکول به شرایطی است که در قانون مقرر شده است. هیات مدیره با ارائه دلایل و تحقق شرط لازم می تواند اخراج عضو را از مجمع عمومی عادی درخواست کند.
- اعضای شرکت تعاونی می توانند سهم خود را به اعضای همان شرکت انتقال دهند. این انتقال با موافقت هیات مدیره میسر است، و هیات مدیره باید در تصمیم گیری درباره آن منع مصرح در آیین نامه مربوطه را دایر بر اینکه میزان سهام هیچ یک ار اعضاء نباید بیش از «15%» کل سرمایه شرکت باشد مراعات کند.
- تهیه دستورالعل داخلی و پیشنهاد آن برای تصویب به مجمع عمومی عادی، تعیین نماینده یا وکیل با حق توکیل به غیر برای حضور در سازمان ها یا اقامه دعاوی شرکت تعاونی یادفاع از شرکت در دادگاه ها و تعیین صاحبان امضای مجاز برای امضای قراردادها و اسناد مربوط به شرکت، از دیگر وظایف و اختیارات هیات مدیره است.
- انجام سایر اموری که به موجب قانون یا اساسنامه و سایر مقررات بر عهده هیات مدیره گذاشته شده است، از جمله پیشنهاد اخراج عضو به مجمع عمومی عادی (موضوع ماده 13 قانون بخش تعاونی)